El Colegio de Ciencias fue fundado en el año de 1992 e inició sus actividades brindando los servicios en la Educación básica regular. Desde sus inicios se trató de dar una educación en libertad, con un alcance global, por lo que se dió importancia a la enseñanza de la tecnología, el idioma inglés y tal como indica su nombre a la ciencia, tanto en espíritu como en contenido.
La educación basado en proyectos fue estableciéndose como la metodología fundamental en el aprendizaje, y esta fue desarrollandose desde los proyectos locales que se hicieron en el colegio, hasta hacer proyectos internacionales, en los cuales se empezó a colaborar con diversas escuelas del mundo.
Al cumplir las Bodas de Plata el colegio dejó de dar los servicios de la Educación Básica Regular y paso a proporcionar una educación basada en proyectos a aquellos alumnos que tengan interés en aprender de una forma distinta. Los proyectos se hacen en mayoría a traves del internet, son libres de costo y solo requieren del compromiso de los estudiantes en aprender y del apoyo que les de sus padres.